L'OPAC de la Biblioteca de la UOC, avançant cap a l'OPAC social

La Biblioteca de la UOC ha añadido una serie de mejoras a su OPAC. El objetivo ha sido incorporar las ventajas del OPAC social a un producto comercial cercado, como es Millennium. Estas mejoras permiten enriquecer la información proporcionada por el registro y dotar a los usuarios de herramientas que los permitan compartir la Biblioteca, sus servicios y sus contenidos. En este póster se detalla la implementación de las herramientas de Wikipedia, Google Libros, Addthis y LibraryThing for Libraries en el OPACO de Millennium.La Biblioteca de la UOC ha afegit tot un seguit de millores al seu OPAC. L'objectiu ha estat incorporar els avantatges de l'OPAC social a un producte comercial tancat, com és Millennium. Aquestes millores permeten enriquir la informació proporcionada pel registre i dotar als usuaris d'eines que els permetin compartir la Biblioteca, els seus serveis i els seus continguts. En aquest pòster es detalla la implementació de les eines de Wikipedia, Google Llibres, Addthis i LibraryThing for Libraries en el OPAC de Millennium.The UOC Library has added a series of improvements to your OPAC. The aim has been to incorporate the benefits of social OPAC a commercial product, such as Millennium. These improvements help enrich the information provided by the record and give users tools to share the library, its services and content. This poster details the implementation of the tools of Wikipedia, Google Books, LibraryThing for Libraries and AddThis the Millennium OPAC

Pipeline design to identify key features and classify the chemotherapy response on lung cancer patients using large-scale genetic data

Background: During the last decade, the interest to apply machine learning algorithms to genomic data has increased in many bioinformatics applications. Analyzing this type of data entails difficulties for managing high-dimensional data, class imbalance for knowledge extraction, identifying important features and classifying individuals. In this study, we propose a general framework to tackle these challenges with different machine learning algorithms and techniques. We apply the configuration of this framework on lung cancer patients, identifying genetic signatures for classifying response to drug treatment response. We intersect these relevant SNPs with the GWAS Catalog of the National Human Genome Research Institute and explore the Regulomedb, GTEx databases for functional analysis purposes. Results: The machine learning based solution proposed in this study is a scalable and flexible alternative to the classical uni-variate regression approach to analyze large-scale data. From 36 experiments executed using the machine learning framework design, we obtain good classification performance from the top 5 models with the highest cross-validation score and the smallest standard deviation. One thousand two hundred twenty four SNPs corresponding to the key features from the top 20 models (cross validation F1 mean >= 0.65) were compared with the GWAS Catalog finding no intersection with genome-wide significant reported hits. From these, new genetic signatures in MAE, CEP104, PRKCZ and ADRB2 show relevant biological regulatory functionality related to lung physiology. Conclusions: We have defined a machine learning framework using data with an unbalanced large data-set of SNP-arrays and imputed genotyping data from a pharmacogenomics study in lung cancer patients subjected to first-line platinum-based treatment. This approach found genome signals with no genome-wide significance in the uni-variate regression approach (GWAS Catalog) that are valuable for classifying patients, only few of them with related biological function. The effect results of these variants can be explained by the recently proposed omnigenic model hypothesis, which states that complex traits can be influenced mostly by genes outside not only by the “core genes”, mainly found by the genome-wide significant SNPs, but also by the rest of genes outside of the “core pathways” with apparent unrelated biological functionality.Peer ReviewedPostprint (published version

What should a virtual University Library environment look like?

Over the past year, the Open University of Catalonia library has been designing its new website with this question in mind. Our main concern has been how to integrate the library in the student day to day study routine to not to be only a satellite tool. We present the design of the website that, in a virtual library like ours, it is not only a website but the whole library itself. The central point of the web is my library, a space that associates the library resources with the student's curriculum and their course subjects. There the students can save the resources as favourites, comment or share them. They have also access to all the services the library offers them. The resources are imported from multiple tools such as Millennium, SFX, Metalib and Dspace to the Drupal CMS. Then the resources' metadata can be enriched with other contextual information from other sources, for example the course subjects. And finally they can be exported in standard, open data formats making them available for linked data applications.Durante el año pasado, la Biblioteca de la Universitat Oberta de Catalunya ha estado diseñando su nueva página web teniendo en mente la pregunta ¿Cómo debería ser el entorno de Biblioteca de una universidad virtual? Nuestra principal preocupación ha sido cómo integrar la biblioteca en la rutina diaria de estudio del estudiante para no ser sólo una herramienta satélite. Presentamos el diseño de un sitio web que, en una biblioteca virtual como la nuestra, no es sólo un sitio web sino toda la biblioteca en sí. El punto central de la web es mi biblioteca, un espacio que asocia los recursos de la biblioteca con el currículo del estudiante y sus asignaturas. En este espacio los estudiantes pueden guardar los recursos como favoritos, comentarlos o compartirlos. Des de aquí tienen también acceso a todos los servicios que la biblioteca les ofrece. Los recursos se han importado desde diversas herramientas tales como Millennium, SFX, Metalib y Dspace al CMS Drupal. A continuación, los metadatos de los recursos pueden enriquecerse con información contextual de otras fuentes, por ejemplo, las asignaturas del curso. Y, finalmente, pueden exportarse en formatos estándares, de datos abiertos poniéndolos a disposición de las aplicaciones de datos vinculadas.Durant l'any passat, la Biblioteca de la Universitat Oberta de Catalunya ha estat dissenyant la seva nova pàgina web tenint en ment la pregunta: Com hauria de ser l'entorn de Biblioteca d'una universitat virtual? La nostra principal preocupació ha estat com integrar la biblioteca a la rutina diària d'estudi de l'estudiant per no ser només una eina satèl·lit. Presentem el disseny d'un lloc web que, en una biblioteca virtual com la nostra, no és només un lloc web sinó tota la biblioteca en si. El punt central de la web és la meva biblioteca, un espai que associa els recursos de la biblioteca amb el currículum de l'estudiant i les seves assignatures. En aquest espai els estudiants poden guardar els recursos com a favorits, comentar-los o compartir-los. Des d'aquí tenen també accés a tots els serveis que la biblioteca els ofereix. Els recursos s'han importat des de diverses eines com Millennium, SFX, Metalib i DSpace al CMS Drupal. A continuació, les metadades dels recursos poden enriquir-se amb informació contextual d'altres fonts, per exemple, les assignatures del curs. I, finalment, es poden exportar a formats estàndards, de dades oberts posant-los a disposició de les aplicacions de dades vinculades

What should a virtual University Library environment look like?

Over the past year, the Open University of Catalonia library has been designing its new website with this question in mind. Our main concern has been how to integrate the library in the student day to day study routine to not to be only a satellite tool. We present the design of the website that, in a virtual library like ours, it is not only a website but the whole library itself. The central point of the web is my library, a space that associates the library resources with the student's curriculum and their course subjects. There the students can save the resources as favourites, comment or share them. They have also access to all the services the library offers them. The resources are imported from multiple tools such as Millennium, SFX, Metalib and Dspace to the Drupal CMS. Then the resources' metadata can be enriched with other contextual information from other sources, for example the course subjects. And finally they can be exported in standard, open data formats making them available for linked data applications.Durante el año pasado, la Biblioteca de la Universitat Oberta de Catalunya ha estado diseñando su nueva página web teniendo en mente la pregunta ¿Cómo debería ser el entorno de Biblioteca de una universidad virtual? Nuestra principal preocupación ha sido cómo integrar la biblioteca en la rutina diaria de estudio del estudiante para no ser sólo una herramienta satélite. Presentamos el diseño de un sitio web que, en una biblioteca virtual como la nuestra, no es sólo un sitio web sino toda la biblioteca en sí. El punto central de la web es mi biblioteca, un espacio que asocia los recursos de la biblioteca con el currículo del estudiante y sus asignaturas. En este espacio los estudiantes pueden guardar los recursos como favoritos, comentarlos o compartirlos. Des de aquí tienen también acceso a todos los servicios que la biblioteca les ofrece. Los recursos se han importado desde diversas herramientas tales como Millennium, SFX, Metalib y Dspace al CMS Drupal. A continuación, los metadatos de los recursos pueden enriquecerse con información contextual de otras fuentes, por ejemplo, las asignaturas del curso. Y, finalmente, pueden exportarse en formatos estándares, de datos abiertos poniéndolos a disposición de las aplicaciones de datos vinculadas.Durant l'any passat, la Biblioteca de la Universitat Oberta de Catalunya ha estat dissenyant la seva nova pàgina web tenint en ment la pregunta: Com hauria de ser l'entorn de Biblioteca d'una universitat virtual? La nostra principal preocupació ha estat com integrar la biblioteca a la rutina diària d'estudi de l'estudiant per no ser només una eina satèl·lit. Presentem el disseny d'un lloc web que, en una biblioteca virtual com la nostra, no és només un lloc web sinó tota la biblioteca en si. El punt central de la web és la meva biblioteca, un espai que associa els recursos de la biblioteca amb el currículum de l'estudiant i les seves assignatures. En aquest espai els estudiants poden guardar els recursos com a favorits, comentar-los o compartir-los. Des d'aquí tenen també accés a tots els serveis que la biblioteca els ofereix. Els recursos s'han importat des de diverses eines com Millennium, SFX, Metalib i DSpace al CMS Drupal. A continuació, les metadades dels recursos poden enriquir-se amb informació contextual d'altres fonts, per exemple, les assignatures del curs. I, finalment, es poden exportar a formats estàndards, de dades oberts posant-los a disposició de les aplicacions de dades vinculades

L'OPAC de la Biblioteca de la UOC, avançant cap a l'OPAC social

La Biblioteca de la UOC ha añadido una serie de mejoras a su OPAC. El objetivo ha sido incorporar las ventajas del OPAC social a un producto comercial cercado, como es Millennium. Estas mejoras permiten enriquecer la información proporcionada por el registro y dotar a los usuarios de herramientas que los permitan compartir la Biblioteca, sus servicios y sus contenidos. En este póster se detalla la implementación de las herramientas de Wikipedia, Google Libros, Addthis y LibraryThing for Libraries en el OPACO de Millennium.La Biblioteca de la UOC ha afegit tot un seguit de millores al seu OPAC. L'objectiu ha estat incorporar els avantatges de l'OPAC social a un producte comercial tancat, com és Millennium. Aquestes millores permeten enriquir la informació proporcionada pel registre i dotar als usuaris d'eines que els permetin compartir la Biblioteca, els seus serveis i els seus continguts. En aquest pòster es detalla la implementació de les eines de Wikipedia, Google Llibres, Addthis i LibraryThing for Libraries en el OPAC de Millennium.The UOC Library has added a series of improvements to your OPAC. The aim has been to incorporate the benefits of social OPAC a commercial product, such as Millennium. These improvements help enrich the information provided by the record and give users tools to share the library, its services and content. This poster details the implementation of the tools of Wikipedia, Google Books, LibraryThing for Libraries and AddThis the Millennium OPAC

La cerca única, o com fer fàcil el camí a l'usuari

This paper presents a reflection on the need for libraries to think about how to facilitate access to the documentary sources they manage. As the number of resources available in electronic form increases, libraries are in the need to provide a simple and usable search tool that allows integrating the contents of the various information management systems they give access to. To define user expectations to the search interface, some of the features that they are accustomed to use in their requests for information on the Internet have been included. The technologies that allow the discovery layer implementation as a search tool that integrates the various information systems of the library are presented next. And below are some examples of implementations that work in line with the integration of various information sources into a single search engine, as models to consider for implementing a system of this kind. The purpose of it all is to present a state of the art of some cases of operational deployments as a starting point for any organization interested in improving access it offers to its resources on the basis of references study.Esta comunicación presenta una reflexión sobre la necesidad de las bibliotecas de plantearse la forma en que facilitan el acceso a los recursos documentales que gestionan. A medida que el número de recursos disponibles en formato electrónico aumenta, las bibliotecas ven la necesidad de ofrecer una herramienta de búsqueda sencilla y usable que permita integrar los contenidos de los diferentes sistemas de gestión de información a los que dan acceso. Para definir las expectativas de los usuarios ante la interfaz de búsqueda, se han recogido algunas de las funcionalidades que los usuarios están acostumbrados a utilizar en sus consultas de información en Internet. A continuación, se presentan las tecnologías que permiten implementar la capa de descubierta como herramienta que integra la búsqueda en los diferentes sistemas de información de la biblioteca. Seguidamente, se presentan algunos ejemplos de implementaciones que trabajan en la línea de la integración de diferentes fuentes de información en un único buscador, como modelos a tener en cuenta para la implementación de un sistema de estas características. La finalidad es presentar un estado de la cuestión en base a la bibliografía consultada y el estudio de casos de algunas implementaciones en funcionamiento, como punto de partida para cualquier institución que esté interesada en mejorar el acceso que ofrece a sus recursos.Aquesta comunicació presenta una reflexió sobre la necessitat de les biblioteques de plantejar-se la forma en que faciliten l'accés als recursos documentals que gestionen. A mida que el nombre de recursos disponibles en format electrònic augmenta, les biblioteques es veuen en la necessitat d'oferir una eina de cerca senzilla i usable que permeti integrar els continguts dels diversos sistemes de gestió d'informació als que donen accés. Per definir les expectatives dels usuaris davant la interfície de cerca, s'han recollit algunes de les funcionalitats que els usuaris estan acostumats a utilitzar en les seves consultes d'informació a Internet. A continuació, es presenten les tecnologies que permeten implementar la capa de descoberta com a eina que integri la cerca als diversos sistemes d'informació de la biblioteca. I tot seguit es presenten alguns exemples d'implementacions que treballen en la línia de la integració de diverses fonts d'informació en un únic cercador, com a models a tenir en compte per a la implementació d'un sistema d'aquestes característiques. La finalitat és presentar un estat de la qüestió en base a la bibliografia consultada i l'estudi de casos d'algunes implementacions en funcionament, com a punt de partida per a qualsevol institució que estigui interessada en millorar l'accés que ofereix als seus recursos

Pipeline design to identify key features and classify the chemotherapy response on lung cancer patients using large-scale genetic data

Background: During the last decade, the interest to apply machine learning algorithms to genomic data has increased in many bioinformatics applications. Analyzing this type of data entails difficulties for managing high-dimensional data, class imbalance for knowledge extraction, identifying important features and classifying individuals. In this study, we propose a general framework to tackle these challenges with different machine learning algorithms and techniques. We apply the configuration of this framework on lung cancer patients, identifying genetic signatures for classifying response to drug treatment response. We intersect these relevant SNPs with the GWAS Catalog of the National Human Genome Research Institute and explore the Regulomedb, GTEx databases for functional analysis purposes. Results: The machine learning based solution proposed in this study is a scalable and flexible alternative to the classical uni-variate regression approach to analyze large-scale data. From 36 experiments executed using the machine learning framework design, we obtain good classification performance from the top 5 models with the highest cross-validation score and the smallest standard deviation. One thousand two hundred twenty four SNPs corresponding to the key features from the top 20 models (cross validation F1 mean >= 0.65) were compared with the GWAS Catalog finding no intersection with genome-wide significant reported hits. From these, new genetic signatures in MAE, CEP104, PRKCZ and ADRB2 show relevant biological regulatory functionality related to lung physiology. Conclusions: We have defined a machine learning framework using data with an unbalanced large data-set of SNP-arrays and imputed genotyping data from a pharmacogenomics study in lung cancer patients subjected to first-line platinum-based treatment. This approach found genome signals with no genome-wide significance in the uni-variate regression approach (GWAS Catalog) that are valuable for classifying patients, only few of them with related biological function. The effect results of these variants can be explained by the recently proposed omnigenic model hypothesis, which states that complex traits can be influenced mostly by genes outside not only by the “core genes”, mainly found by the genome-wide significant SNPs, but also by the rest of genes outside of the “core pathways” with apparent unrelated biological functionality.Peer Reviewe